E’ un Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico, cioè un Ospedale di Ricerca strettamente collegato all'Università di Pisa, all'Azienda Universitario-Ospedaliera Pisana ed a tutta la Regione Toscana, è un Istituto complesso, multiprofessionale (circa 300 dipendenti e molti allievi), presso il quale operano clinici, ricercatori e docenti universitari di prestigio internazionale eche utilizza tecnologie e metodologie avanzate per assistere i disturbi più gravi che possono colpire un essere umano nel suo periodo di crescita e di formazione.

          L'Istituto assiste bambini e adolescenti con le principali e più frequenti patologie del sistema nervoso e della mente .
Molti di essi migliorano o guariscono, altri sviluppano disabilità durature o permanenti che costituiscono un grave ostacolo per la vita adulta, con grave danno per le famiglie e per tutta la società. Fra queste disabilità ricordiamo i disturbi del movimento (i più gravi sono gli spastici), l'epilessia (malattia spesso curabile ma talvolta resistente), i disturbi del linguaggio e dell'apprendimento (spesso gravi, che possono compromettere l'intelligenza e il profitto scolastico), il ritardo mentale (bambini che non sviluppano il pensiero astratto tipico della specie, e rimangono fermi alle capacità dell'infanzia), i disturbi d'ansia e dell'umore (che possono ostacolare il pensiero e il rapporto sociale), i rari ma gravissimi disturbi precoci della socializzazione  (tra cui anzitutto l'autismo), i disturbi della personalità e della condotta (che portano ai comportamenti antisociali come la delinquenza e la droga), i disturbi dell’alimentazione, oggi sempre più diffusi tra gli adolescenti, le malattie gravi della mente o psicosi (come la schizofrenia). Nel corso dell’anno, l’Istituto ricovera più di 1.700 bambini ed effettua più di 4.000 visite ambulatoriali. (aggiornare i dati)

 La Fondazione Stella Maris trae origine da una convenzione, intervenuta il 2 agosto 1958 tra l’Opera Diocesana di Assistenza di San Miniato e le Cliniche Neurologica e Pediatrica dell’Università di Pisa. Successivamente il 25 settembre 1970, con decreto del Presidente della Repubblica ha ottenuto il riconoscimento come persona giuridica di diritto privato. Il 15 giugno 1973, con decreto emesso ai sensi dell’art.1 della legge 12 febbraio 1968 n.132 il Ministro della Sanità le ha conferito la qualifica di Istituto di ricovero e cura a carattere scientifico.
Altri momenti importanti nella vita della Fondazione sono la stipula della convenzione con l’Università di Pisa che ha reso la Stella Maris un Istituto universitario convenzionato (13 novembre 1976); la stipula di un protocollo d’intesa con la Regione Toscana che le ha attribuito la “funzione regionale” per la Neuropsichiatria infantile (22 luglio 1996); un successivo protocollo d’intesa con la Regione Toscana (6 aprile 2005) che ha confermato l’attribuzione alla Stella Maris in modo esclusivo della funzione regionale ospedaliera di Neuropsichiatria infantile; l’accordo attuativo del suddetto protocollo intervenuto tra la Fondazione Stella Maris, l’Azienda Ospedaliero-Universitaria Pisana e l’Università degli Studi di Pisa.
 Primo Presidente della Fondazione Stella Maris è stato Mons. Aladino Cheti, coadiuvato dal Prof.Pietro Pfanner, Neuropsichiatra e Direttore Medico-Pedagogico, dalla Prof.ssa Mara Marcheschi, Neuropsicologa, dal Prof. Renzo Bartalena, Pediatra e Direttore sanitario, dal Prof. Mario Brotini Direttore didattico interno, nonchè dalla Sig.na Alfiera Gori coordinatrice dell’attività amministrativa.
 La Fondazione Stella Maris ha la sede legale a San Miniato ma svolge la  sua attività a Calambrone (Pisa), dove l’edificio originario, donato dalla Diocesi di San Miniato, è stato nel tempo oggetto di successivi ampliamenti.
Oltre che presso la sede centrale di Calambrone la Fondazione Stella Maris opera presso San Miniato- Casa Verde e La Scala -,  Montalto di Fauglia.