Presso la Fondazione Stella Maris è istituito un Comitato Etico. Si tratta di un organismo indipendente, il cui fine essenziale è quello di tutelare e promuovere i valori della persona umana mediante valutazione e approfondimento di quesiti etici connessi con le attività proprie dell'Istituto, in armonia con i suoi principi ispiratori ed in funzione del migliore sviluppo psicologico dell’individuo.
Il Comitato Etico è organo consultivo che ha il compito istituzionale di esprimere il proprio parere in ogni progetto di ricerca scientifica e di sperimentazione clinica che possa coinvolgere valori di natura etica, nonchè su questioni specifiche concernenti le attività scientifiche, assistenziali, didattiche e amministrative dell'Istituto.
Non rientrano nelle competenze del Comitato le sperimentazioni cliniche di medicinali, a sensi della Delibera del Consiglio regionale della Toscana n. 293 del 28 settembre 1998 (art. 8) e del Decreto del Ministro della Salute del 12 maggio 2006. Tali sperimentazioni vengono sottoposte al parere del Comitato Etico istituito presso l’Azienda Universitario- Ospedaliera Pisana.
Il Comitato Etico della Fondazione Stella Maris è attualmente composto dai seguenti membri:
 

Prof. Paolo Moneta Presidente

Prof. Bruno Grassi Vice Presidente
 

Prof. Pier Antonio Macchia
Prof. Eugenio Ripepe
Mons. Raffaello Schiavone
Dr. Giovanni Ferretti
Sig. ra Paola Ciglioli